Charles II lên ngôi ở Scotland

Cromwell rời Ireland vào tháng 5 năm 1650 và vài tháng sau đó chỉ huy cuộc tấn công Scotland sau khi con trai của Charles I, Charles II lên ngôi vua tại đây. So với cuộc chinh phục Ireland, Cromwell tỏ ra ít khắc nghiệt hơn với những người Scotland, vốn bao gồm cả các đồng minh của ông trong cuộc nội chiến Anh lần thư nhất. Ông mô tả những người Scotland "lừa lọc, nhưng vẫn biết sợ hãi Chúa trời".[61] Ông đã kêu gọi giáo hội Scotland không đứng về phía những người bảo hoàng, "tôi khẩn thiết xin các ngài hiểu rằng, dưới ánh sáng của Chúa trời, các ngài có thể đã phạm sai lầm".[62] Nhưng những người Scotland đã từ chối từ bỏ Charles II và Cromwell cho rằng chiến tranh là điều không thể tránh khỏi.[63]

Trận Dunbar

Sau khi đề nghị của ông bị từ chối, Cromwell dẫn đạo quân dày dạn trận mạc của ông tấn công Scotland. Ban đầu, chiến dịch diễn ra không thuận lợi do quân đội của Cromwell thiếu chuẩn bị về hậu cần và quân Scotland dưới sự lãnh đạo của tướng David Leslie chiến đấu rất can đảm. Bệnh dịch cũng bắt đầu xảy ra trong quân đội Cromwell và ông đã định rút lui bằng đường biển từ Dunbar. Tuy nhiên, ngày 3 tháng 9 năm 1650, trong một trận chiến bất ngờ, Cromwell đè bẹp quân chủ lực của đối phương ở trận Dunbar, tiêu diệt 4.000 binh lính Scotland, cầm tù 10.000 quân nữa và rồi tiến thẳng lên chiếm thủ đô Scotland Edinburgh.[64] Chiến thắng này lớn tới mức Cromwell gọi đó là "hành động của đấng tối cao và là bằng chứng về ân sủng của Chúa trời với người dân Anh".[64]

Trận Worcester

Năm 1651, Charles II và các đồng minh Scotland của ông lập kế hoạch tấn công Anh và chiếm London khi Cromwell đang bận rộn ở Scotland. Cromwell dẫn quân đuổi theo họ về miền nam và hai bên chạm trán ở Worcester ngày 3 tháng 9 năm 1651. Trọng trận Worcester, lực lượng của Cromwell tiêu diệt lực lượng lớn cuối cùng của quân đội bảo hoàng Scotland. Charles II suýt nữa thì bị bắt sống và sau đó lưu vong sang Pháp, rồi Hà Lan, nơi ông sẽ ở lại tới năm 1660.[65] Nhiều tù binh Scotland bị bắt trong chiến dịch này chết vì dịch bệnh, những người khác bị gửi đi lao động khổ sai ở các thuộc địa.

Kết cuộc

Trong giai đoạn cuối cùng chiến dịch Scotland, binh lính của Cromwell, dưới quyền chỉ huy của George Monck, đã tàn phá Dundee, sát hại 1.000 đàn ông và 140 phụ nữ và trẻ em.[66] Trong thời kỳ Liên hiệp Anh, Scotland bị Anh cai trị và chiếm đóng. Vùng cao nguyên đông bắc Scotland nổ ra một cuộc nổi dậy của những người bảo hoàng vào giai đoạn 1653–55, nhưng bị đàn áp thẳng tay sau khi Anh triển khai 6.000 binh sĩ ở đó.[67] Người Scotland theo Tin lành vẫn được hành đạo như cũ, nhưng giáo hội Scotland không còn quyền lực với các phán quyết dân sự như trước kia.[68]

Cuộc chinh phục của Cromwell với Scotland, dù không được chào đón, không để lại hậu quả nào trong quan hệ Anh-Scotland. Việc cai trị của Anh với Scotland và chế độ Bảo hộ công diễn ra khá hòa bình. Cũng không diễn ra tình trạng tịch thu đất đai và tài sản hàng loạt. Ba trong bốn thành viên của Hội đồng hòa bình tối cao phụ trách Scotland trong khối Liên hiệp là người Scotland và vùng đất này được cai trị chung bởi các quan chức quân sự Anh và dân sự Scotland.[69] Dù cũng không được yêu mến gì, tên tuổi Cromwell không bị thù ghét ở Scotland như Ireland.